Ir al contenido principal

La Enciclopedia de los Factores de Transcripción

Los Factores de Transcripción (FT) son un grupo de proteínas encargadas de modular la expresión de una gran variedad de genes. En otras palabras, son los interruptores genéticos. Están presentes en casi todos los sistemas bioquímicos de las células eucariotas, creando “programas regulatorios” que definen los diversos estados de desarrollo de un organismo así como su adaptación a una gran variedad de ambientes diferentes.

factor_transcripcion

Y a pesar de conformar sólo un pequeño porcentaje de todas las proteínas codificadas por el genoma de un organismo —5% en el caso de los humanos— más del 15% de los estudios genéticos realizados a la fecha identifican y analizan el papel de los FT en su regulación.

Actualmente, las investigaciones sobre los FT están enfocados en descifrar los complejos programas regulatorios que permiten a las células de un organismo —todas con el mismo genoma—diferenciarse en cientos de tipos diferentes de células, cada una con un fenotipo específico. Por ejemplo, cuando un espermatozoide fecunda a un óvulo, se forma una única célula que empieza a dividirse en dos, luego en cuatro, después en ocho… así hasta alcanzar miles de células, todas genéticamente idénticas, pero que a la larga cada una formará parte de un tejido diferente con funciones específicas: tejido muscular, óseo, nervioso, cardiaco, hepático, germinal, etc.

Los FT son usados también para reprogramar las células. Una células diferenciada, por ejemplo, una célula del fibroblasto, puede ser reprogramada y volverse una célula indiferenciada capaz de convertirse posteriormente en cualquier otro tipo de célula. Estas células son las famosas células madre inducidas a pluripotencia (iPSC). El año pasado, investigadores de la Universidad de Stanford transformaron una célula de la piel en una neurona; mientras que investigadores de la Universidad de Kyushu transformaron un fibroblasto en una célula hepática a través del uso de diferentes FT.

Sólo en el 2009 se han publicado 8,000 artículos relacionados con los FT. Es por esta razón que se requiere de un lugar donde todas esta información esté almacenada y ordenada de tal forma que cualquier investigador pueda acceder a una información detallada y relevante de un FT en particular, por ejemplo: su estructura molecular, sus sitios de unión, los genes que regula, las vías metabólicas en las que está involucrado, etc.

La Internet nos ha facilitado las cosas. Actualmente existen cientos de bases de datos donde uno puede encontrar toda la información disponible sobre un tipo de biomolécula específica. El GenBank del NCBI es una de las más completas en secuencias genéticas, el UniProt/SwissProt en cuanto a proteínas y estructuras proteicas, y así como estas hay muchas más.

Los FT son proteínas con funciones muy especiales: se unen directa o indirectamente al ADN, interactúan con otras moléculas, sufren modificaciones que afectan su función, etc.; y por lo tanto también requieren de su propia base de datos. Las más importantes y completas son JASPAR (sitios de unión de los FT), TRANSFAC® (FT y los genes que regulan) y PAZAR (la base de datos más completa de todas). Aún así estas bases de datos no presentan una información completa de todos los FT identificados hasta la fecha.

Ahora, un consorcio internacional de más de 100 investigadores, liderados por el Dr. Wyeth Wasserman del Departamento de Genética Médica de la Universidad de la Columbia Británica (Canadá) han desarrollado una nueva plataforma Web llamada Transcription Factor Encyclopedia (Enciclopedia de los Factores de Transcripción) con el objetivo de facilitar la curación (proceso por el cual se compara los datos bioinformáticos o in silico con los experimentales), evaluación y diseminación de la información referente a los FT de manera libre y gratuita (Open Access).

Enciclopedia_Factores_Tanscr

Toda la información está disponible en un formato de mini-revisiones en los que cada colaborador agrupa toda la información disponible en la literatura científica de cada uno de los FT estudiados hasta la fecha. En la enciclopedia encontrarás un resumen general del FT, su estructura molecular, los sitios del unión al ADN, los genes que son regulados, las isoformas disponibles, las interacciones con otras moléculas, los fenotipos o enfermedades asociadas a su deficiencia, sus patrones de expresión, y enlaces a diferentes artículos relacionados al FT. Todo esto en una interfaz muy amigable.


Referencia:

ResearchBlogging.orgThe Transcription Factor Encyclopedia Consortium (2012). The Transcription Factor Encyclopedia Genome Biology, 13 (3) DOI: 10.1186/gb-2012-13-3-r24

Comentarios

  1. David, que buen artículo. Excelente la forma de redacción, con un contenido científico y agradable de leer. Gracias por su labor esperamos que la continúes.

    ResponderBorrar
    Respuestas
    1. Gracias Oscar, seguiremos aquí difundiendo la ciencia y mejorando cada día.

      Borrar

Publicar un comentario

Se respetuoso con tus comentarios y críticas. Cualquier comentario ofensivo será eliminado.

Entradas más populares de este blog

¿Qué fue del estudio más grande sobre la seguridad de los transgénicos?

La tarde del 11 de noviembre de 2014, en un hotel londinense, se anuncia el lanzamiento de "Factor GMO", el experimento a largo plazo más extenso y detallado jamás realizado sobre un alimento transgénico y su plaguicida asociado.


Con un costo estimado de 25 millones de dólares, el estudio buscaba aportar —con una solidez sin precedentes— valiosa información para permitir a las autoridades reguladoras, los gobiernos y la población general, responder si es seguro el consumo de Organismos Genéticamente Modificados (OGM) o la exposición a su herbicida asociado en condiciones reales.

El experimento —que se llevaría a cabo en un laboratorio secreto en el territorio ruso para evitar cualquier injerencia externa— consistía en someter a 6.000 ratas de laboratorio a diversas dietas basadas en el maíz transgénico NK603 y su herbicida asociado (RoundUp), cuyo principio activo es el glifosato. Es similar al famoso estudio realizado Guilles-Eric Seralini, pero a mayor escala. Solo para re…

¿Por qué tanto miedo al bromuro de etidio?

El bromuro de etidio (BrEt) es un agente químico muy usado en técnicas de biología molecular para teñir nuestros geles de agarosa y poder apreciar nuestras bandas de ADN; ya sean de los productos de extracción o de PCR. Existen dos formas de teñir los geles: i) remojando el gel de agarosa por 15 minutos en una bandeja con BrEt (0,5 mg/L) después de haber hecho la electroforesis o ii) añadiendo el BrEt directamente al gel al momento de prepararlo. Con la primera evitamos contaminar nuestra cámara de electroforesis con BrEt y con la segunda evitamos exponernos a salpicaduras y otros accidentes que pueden ocurrir al hacer la tinción en bandeja.


Se han dado cuenta que desde que entramos a un laboratorio de biología molecular nos tienen traumados con el BrEt: "¡Cuidado que te salpique!", "¡no lo huelas!", "¡usa tres guantes!", "¡no es por ese lado!", "¡si te cae en la piel te va a dar cáncer y te puedes morir!", entre otras cosas más.

Si b…

TOP 10: Las peores cosas de trabajar en un laboratorio

Encontré este interesante artículo publicado en Science Careers. La verdad es que me ha gustado mucho —me sentí identificado con varios aspectos— tanto que me tomé la libertad de traducirlo y hacerle algunas modificaciones, en base a mi experiencia personal, para ustedes.Tus amigos no-científicos no entienden lo que haces.

Cuando te reúnes con tus amigos del colegio o del barrio y empiezan a hablar acerca de sus trabajos, qué es lo que hacen y cuáles han sido los logros más recientes, ellos fácilmente lo pueden resumir en un “he construido una casa/edificio/puente/carretera”, o “he dejado satisfecho a un cliente” (que feo sonó eso xD), o tu amigo abogado dirá “he sacado de la cárcel a un asaltante confeso y encima he logrado que lo indemnicen”, pero cuando te toca a ti ¿qué dirás? “Bueno he curado… uhm, la verdad no he curado, las ratas viven un poco más pero no las he curado, así que he descubierto… no, esa palabra es muy fuerte. La verdad he probado… este… tampoco, las pruebas están …