Ir al contenido principal

Se hace público el genoma completo de la E. coli O104:H4 alemana

Durante las últimas semanas nos ha llovido un montón de noticias desde el viejo continente, específicamente desde Alemania, donde el brote de una cepa de Escherichia coli va causando unos 784 casos del síndrome urémico hemolítico —un tipo de falla renal asociado a la toxina Shiga producida por la E. coli— y la muerte de otras 23 personas [Datos obtenidos hasta el martes 14 de Junio], generando una alerta en las autoridades sanitarias del resto de países del mundo.

El día de hoy, la compañía BGI (Instituto de Genómica de Pekín) junto a colaboradores del Centro Médico de la Universidad de Hamburgo – Eppendorf han hecho público el primer mapa completo del genoma y plásmidos de la E. coli O104:H4, responsable del brote epidémico en Alemania.

bacteria-e-coli

Esta versión final del genoma de la E. coli O104:H4 nos muestra un cromosoma circular de 5,278 Kpb (más de cinco mil millones de pares de base) junto a tres plásmidos adicionales de 88, 75 y 1.5Kpb. El cromosoma circular presenta al menos unos 5,000 genes putativos, cubriendo casi el 90% de todo el genoma. El plásmido más grande (88Kpb) es similar al encontrado en otras cepas de E. coli de caballos, el cual porta una gran variedad de genes de resistencia. Por otro lado, el plásmido más pequeño, al cual llamaron “plásmido egoísta”, sólo porta dos genes los cuales codifican para una ADN polimerasa y una proteína de adherencia conocida como  fimbrias, que es la responsable de la virulencia de la bacteria.

Por otro lado, los investigadores de BGI encontraron que los genes que codifican para la toxina Shiga, principal responsable de los severos síntomas de la infección, es codificado por el ADN de un fago que se integró en el genoma de E. coli (profago). También se identificaron muchos puntos de inserción en el genoma de la bacteria, lo que indicaría que la adquisición de genes de resistencia y virulencia se da a través de la transferencia horizontal de genes (conjugación, transformación o transducción).

Estos resultados, sumados a los estudios filogenéticos hechos anteriormente dan indicios del origen de esta mortal cepa. Ahora los investigadores tienen la certeza de que la E. coli pertenece a una cepa enteroagregativa (ECEA), la cual se caracteriza por aglutinarse en la mucosa intestinal, gracias a sus fimbrias, causando daño en el tejido epitelial intestinal y provocando graves diarreas. Además, posee la toxina Shiga que fue adquirida gracias a la integración de un fago. Es debido a esto que inicialmente se consideró a este brote de E. coli como enterohemorrágico. Como podemos ver, esta bacteria, más que una nueva cepa de E. coli puede ser considerada como un híbrido conocido como ECEApTS (E. coli enteroagregativa productora de la toxina Shiga).

BGI, consiente de la situación de preocupación actual, ha hecho de dominio público la secuencia completa de esta cepa (DOI: 10.5524/100001), en cuyo portal se está recolectando más evidencia genética proporcionada por otros laboratorios que están estudiando a la bacteria de manera independiente.

Vía | Physorg.

Comentarios

Entradas más populares de este blog

Cuatro generaciones de ratas son alimentadas con maíz transgénico y no les pasa nada

En toda conversación o debate sobre transgénicos, no falta alguien que dice que son perjudiciales para la salud. En muchos casos, la preocupación es sincera y con una explicación clara sobre el proceso regulatorio al que son sometidos estos productos para demostrar su inocuidad y seguridad, quedan tranquilos. Pero hay personas que, a pesar de la contundente evidencia sobre la seguridad de los transgénicos para el consumo humano, insisten en que esos estudios no sirven porque no se hacen evaluaciones a largo plazo.
Bueno, un reciente estudio publicado en Journal of Agricultural and Food Chemistry evalúa el efecto del consumo de un maíz transgénico (DBN9936), que posee el gen cry1Ab (resistencia a insectos) y epsps (tolerancia a glifosato), a lo largo de cuatro generaciones (F0, F1, F2 y F3). La finalidad fue ver si el consumo de maíz transgénico provoca algún efecto en la capacidad reproductiva de las ratas o en sus descendientes.
El experimento inició con 180 ratas divididos en tres gru…

¿Qué fue del estudio más grande sobre la seguridad de los transgénicos?

La tarde del 11 de noviembre de 2014, en un hotel londinense, se anuncia el lanzamiento de "Factor GMO", el experimento a largo plazo más extenso y detallado jamás realizado sobre un alimento transgénico y su plaguicida asociado.


Con un costo estimado de 25 millones de dólares, el estudio buscaba aportar —con una solidez sin precedentes— valiosa información para permitir a las autoridades reguladoras, los gobiernos y la población general, responder si es seguro el consumo de Organismos Genéticamente Modificados (OGM) o la exposición a su herbicida asociado en condiciones reales.

El experimento —que se llevaría a cabo en un laboratorio secreto en el territorio ruso para evitar cualquier injerencia externa— consistía en someter a 6.000 ratas de laboratorio a diversas dietas basadas en el maíz transgénico NK603 y su herbicida asociado (RoundUp), cuyo principio activo es el glifosato. Es similar al famoso estudio realizado Guilles-Eric Seralini, pero a mayor escala. Solo para re…

¿Por qué tanto miedo al bromuro de etidio?

El bromuro de etidio (BrEt) es un agente químico muy usado en técnicas de biología molecular para teñir nuestros geles de agarosa y poder apreciar nuestras bandas de ADN; ya sean de los productos de extracción o de PCR. Existen dos formas de teñir los geles: i) remojando el gel de agarosa por 15 minutos en una bandeja con BrEt (0,5 mg/L) después de haber hecho la electroforesis o ii) añadiendo el BrEt directamente al gel al momento de prepararlo. Con la primera evitamos contaminar nuestra cámara de electroforesis con BrEt y con la segunda evitamos exponernos a salpicaduras y otros accidentes que pueden ocurrir al hacer la tinción en bandeja.


Se han dado cuenta que desde que entramos a un laboratorio de biología molecular nos tienen traumados con el BrEt: "¡Cuidado que te salpique!", "¡no lo huelas!", "¡usa tres guantes!", "¡no es por ese lado!", "¡si te cae en la piel te va a dar cáncer y te puedes morir!", entre otras cosas más.

Si b…