Ir al contenido principal

Proteína navideña

Bueno, si bien mi espíritu navideño se fue perdiendo con los años, me dejé contagiar por los que aún lo conservan y me puse a ver la navidad desde un punto de vista biólogo. Después de pensar un rato como lo podría hacer, me acordé que las secuencias de aminoácidos de todas las proteínas están formadas por letras, 20 en total, según la siguiente nomenclatura:

Así que usé estas abreviaturas para formar palabras relacionadas con la navidad y tratar de buscar proteínas que tengan estas “palabras” dentro de su secuencia de aminoácidos. Para eso usé el BLASTp para encontrar de manera rápida las proteínas navillísticas…

La primera palabra que usé fue —obviamente— NAVIDAD. En base a las abreviaturas NAVIDAD haría referencia a una secuencia de Asn-Ala-Val-Ile-Asp-Ala-Asp. Los resultados del BLAST fueron buenos —a pesar que los valores del e-value no eran muy altos— encontrando unas 9 proteínas que tenían NAVIDAD en sus secuencias, entre ellas la Homoserina deshidrogenasa.

blast

Pero, para ubicar exactamente donde se encontraba el “dominio” NAVIDAD dentro de la secuencia tuve que usar el ClustalW para alinear las secuencias y así fue como lo hallé.

clustal

Así que como conclusión, la Homoserina deshidrogenasa de la bacteria Haloterrigena turkmenica es la proteína con el mayor espíritu navideño de todas. Así que pueden entretenerse un rato, mientras esperan las doce, buscando más palabras en el ProteinBank.

FELICES FIESTAS!

Comentarios

Entradas más populares de este blog

Los huevos verdes

[Artículo publicado originalmente el 16 de abril de 2014 en Expresión Genética del diario El Comercio]
No me refiero a los de Shrek ni los de Hulk...
Hace unos años visité la localidad de Huancapallac, en el departamento de Huánuco, y participé del Muhu Raymi (Fiesta de las Semillas). En esta feria, agricultores de diferentes lugares del país exhiben su gran agrobiodiversidad. Mientras paseaba por los puestos de cada uno de ellos, vi algo que llamó mi atención: huevos de color verde.

Si bien los huevos pueden adquirir diferentes colores, dependiendo de la especie a la que correspondan, todos los huevos de gallina que encontramos en los mercados son blancos o morenos (color piel). Sin embargo, al menos tres razas de gallinas ponen huevos verdes y azulados: la Araucana de Chile y los Dongxiang y Lushi de China. Esta coloración se debe a un pigmento llamado biliverdina.
La biliverdina se genera a partir de la degradación de la hemoglobina —molécula que da el característico color rojo a la sa…

El asesino en serie de los anfibios bajo la mira

Los anfibios del mundo están viviendo un verdadero apocalipsis. Poblaciones enteras están siendo diezmadas. Algunas especies se han extinto y otras están seriamente amenazadas. Y, como en una verdadera película de terror, un patógeno es el responsable, posiblemente, el peor de toda la historia en cuanto a su impacto sobre la biodiversidad. Su nombre, Batrachochytrium dendrobatidis (de cariño Bd). ¿Dónde y cuando apareció este asesino? ¿Cómo se propaga? Son algunas de las interrogantes que pretende resolver un estudio publicado en Science la semana pasada.

Bd es un hongo que ataca directamente la piel de los anfibios (que es por donde estos animales respiran, intercambian electrolitos y regulan el pH), alimentándose de las proteínas que la componen. La piel alrededor de las articulaciones se hace trizas y se desprende hasta que pierden el equilibrio homeostático del cual no pueden recuperarse. Al cabo de unos días, mueren de un ataque cardiaco.

Este problema fue detectado por primera v…

15 años más de moratoria a los transgénicos

Ese es el nuevo proyecto de ley (PL 05622/2020-CR) presentado el pasado 25 de junio por el congresista Rolando Campos Villalobos de Acción Popular, el cual tiene por único objetivo ampliar por quince años la moratoria a los transgénicos establecida por la Ley N.º 29811, que vence en diciembre del próximo año. 

Para aclarar, la moratoria sólo se aplica a la liberación al ambiente, es decir, los cultivos transgénicos. Los importados para la alimentación humana o de animales (por ejemplo, el maíz amarillo duro y la soya), no están restringidos ni regulados hasta que se apruebe el RISBA. Tampoco se prohíbe la investigación con transgénicos, pero solo si se realiza en espacios confinados como laboratorios o invernaderos. ¿Cuál es el sustento para ampliar la moratoria?Para saberlo, analicemos la exposición de motivos. Ley de moratoria se sustenta en la necesidad de preservar el ambiente equilibrado del país, dado que existe una incertidumbre sobre los impactos que pueden producir los transgéni…