Ir al contenido principal

Bio-Linux, sistema operativo ideal para el biólogo

La verdad, no sé mucho del sistema operativo basados en Linux, sólo se que es un software libre y que muchos científicos e investigadores los usan porque les permiten optimizar todos los recursos de la computadora para las tareas que quieren realizar, sobre todo en el área de la bioinformática. Los datos biológicos que cada día se generan son cuantiosos, empezando desde las secuencias de ADN y proteínas, más ahora que estamos en la era de las “ómicas” (genómica, proteómica, epigenómica, metabolómica, etc.); hasta estudios filogenético, biogeográficos y poblacionales. Esta cantidad de infromación ha creado la necesidad de desarrollar un sistema operativo que permita integrar todos estos datos de manera sencilla y que ponga en nuestras manos herramientas bioinformáticas capaces de analizarlos velozmente.

Fue así que en el año 2006 nació Bio-Linux, un sistema operativo diseñado para el biólogo de hoy, con una plataforma bioinformática muy útil que facilita la compartición de datos, con una fácil instalación y manejo, y con un bajo consumo de recursos de nuestro sistema, que ha permitido acelerar el trabajo de los programas bioinformáticos, los cuales se basan en complejos algoritmos que demandan la mayor parte de los recursos de nuestra computadora.

Este año se ha lanzado la versión 6.0, el cual se basa en una plataforma Ubuntu 10.04 (una de las mejores de Linux), y que contiene más de 500 programas bioinformáticos pre-instalados. Además cuenta con un gran soporte técnico on-line, que te ofrece una gran cantidad de muestras de datos para que puedas probar el funcionamiento de cada uno de los programas con que cuenta Bio-Linux. Bio-Linux es de fácil instalación, puede funcionar a la par con tu sistema operativo Windows o Mac OS X, así como también directamente desde tu USB o un DVD.

Si estas más especializado en la biología molecular, tal vez sea más adecuado para ti la plataforma DNALinux, el cual también tiene programas bioinformáticos pre-instalados como ApE- A Plasmid Editor, Biopython, Blast, Emboss, FinchTV, NCBI Toolkit, Polyxmass, primer3, entre otros.

dnalinux

Sin dudas, para aquellos que se sienten cómodos manejando una plataforma Linux, esta es una gran herramienta, para los que no, no importa, a menos que quieras dedicarte a la bioinformática, donde manejar Linux es esencial.

Para descargar Bio-Linux 6.0: http://nebc.nerc.ac.uk/tools/bio-linux/bio-linux-6.0

Para descargar DNALinux: http://www.dnalinux.com/

Para descargar programas científicos para Linux: http://www.gentoo.org/

Referencia:

Field, D; et al. 2006. Open software for biologists: from famine to feast. Nature Biotechnology. 24: 801 – 803. doi: 10.1038/nbt0706-801

Comentarios

Entradas más populares de este blog

¿Por qué tanto miedo al bromuro de etidio?

El bromuro de etidio (BrEt) es un agente químico muy usado en técnicas de biología molecular para teñir nuestros geles de agarosa y poder apreciar nuestras bandas de ADN; ya sean de los productos de extracción o de PCR. Existen dos formas de teñir los geles: i) remojando el gel de agarosa por 15 minutos en una bandeja con BrEt (0,5 mg/L) después de haber hecho la electroforesis o ii) añadiendo el BrEt directamente al gel al momento de prepararlo. Con la primera evitamos contaminar nuestra cámara de electroforesis con BrEt y con la segunda evitamos exponernos a salpicaduras y otros accidentes que pueden ocurrir al hacer la tinción en bandeja. Se han dado cuenta que desde que entramos a un laboratorio de biología molecular nos tienen traumados con el BrEt: "¡Cuidado que te salpique!", "¡no lo huelas!", "¡usa tres guantes!", "¡no es por ese lado!", "¡si te cae en la piel te va a dar cáncer y te puedes morir!", entre otras cosas más.

TOP 10: Las peores cosas de trabajar en un laboratorio

Encontré este interesante artículo publicado en Science Careers . La verdad es que me ha gustado mucho —me sentí identificado con varios aspectos— tanto que me tomé la libertad de traducirlo y hacerle algunas modificaciones, en base a mi experiencia personal, para ustedes. Tus amigos no-científicos no entienden lo que haces. Cuando te reúnes con tus amigos del colegio o del barrio y empiezan a hablar acerca de sus trabajos, qué es lo que hacen y cuáles han sido los logros más recientes, ellos fácilmente lo pueden resumir en un “ he construido una casa/edificio/puente/carretera ”, o “ he dejado satisfecho a un cliente ” (que feo sonó eso xD), o tu amigo abogado dirá “ he sacado de la cárcel a un asaltante confeso y encima he logrado que lo indemnicen ”, pero cuando te toca a ti ¿qué dirás? “ Bueno he curado… uhm, la verdad no he curado, las ratas viven un poco más pero no las he curado, así que he descubierto… no, esa palabra es muy fuerte. La verdad he probado… este… tampoco, las

IV Carnaval de Biología

Esta fiesta se inició en el mes de Febrero, cuando @Raven_neo a través de su blog, Micro Gaia , fue el visionario que introdujo el primer Carnaval de Biología a la red. La aceptación fue inmediata, más de 30 entradas se registraron en esta primera edición . Luego le tocó el turno a @SergioEfe a través de su blog La muerte de un ácaro , con nuevos blogs uniéndose a la fiesta . El mes pasado fue el turno para @pakozoic a través de su blog El Pakozoico , quedando demostrado que el carnaval llegó para quedarse . Ahora, desde el otro lado del mundo, es un honor anunciarles que BioUnalm será anfitrión de la IV Edición del Carnaval de Biología , que se dará inicio el próximo domingo 8 de Mayo y finalizará el 31 de Mayo. Para poder participar, las reglas son muy simples: 1. Participación libre. 2. Cada mes el blog anfitrión anunciará el inicio del Carnaval indicando la fecha de comienzo (se recomienda que sea la misma que la del anuncio) y la fecha de fin del mism