Ir al contenido principal

Bio-Linux, sistema operativo ideal para el biólogo

La verdad, no sé mucho del sistema operativo basados en Linux, sólo se que es un software libre y que muchos científicos e investigadores los usan porque les permiten optimizar todos los recursos de la computadora para las tareas que quieren realizar, sobre todo en el área de la bioinformática. Los datos biológicos que cada día se generan son cuantiosos, empezando desde las secuencias de ADN y proteínas, más ahora que estamos en la era de las “ómicas” (genómica, proteómica, epigenómica, metabolómica, etc.); hasta estudios filogenético, biogeográficos y poblacionales. Esta cantidad de infromación ha creado la necesidad de desarrollar un sistema operativo que permita integrar todos estos datos de manera sencilla y que ponga en nuestras manos herramientas bioinformáticas capaces de analizarlos velozmente.

Fue así que en el año 2006 nació Bio-Linux, un sistema operativo diseñado para el biólogo de hoy, con una plataforma bioinformática muy útil que facilita la compartición de datos, con una fácil instalación y manejo, y con un bajo consumo de recursos de nuestro sistema, que ha permitido acelerar el trabajo de los programas bioinformáticos, los cuales se basan en complejos algoritmos que demandan la mayor parte de los recursos de nuestra computadora.

Este año se ha lanzado la versión 6.0, el cual se basa en una plataforma Ubuntu 10.04 (una de las mejores de Linux), y que contiene más de 500 programas bioinformáticos pre-instalados. Además cuenta con un gran soporte técnico on-line, que te ofrece una gran cantidad de muestras de datos para que puedas probar el funcionamiento de cada uno de los programas con que cuenta Bio-Linux. Bio-Linux es de fácil instalación, puede funcionar a la par con tu sistema operativo Windows o Mac OS X, así como también directamente desde tu USB o un DVD.

Si estas más especializado en la biología molecular, tal vez sea más adecuado para ti la plataforma DNALinux, el cual también tiene programas bioinformáticos pre-instalados como ApE- A Plasmid Editor, Biopython, Blast, Emboss, FinchTV, NCBI Toolkit, Polyxmass, primer3, entre otros.

dnalinux

Sin dudas, para aquellos que se sienten cómodos manejando una plataforma Linux, esta es una gran herramienta, para los que no, no importa, a menos que quieras dedicarte a la bioinformática, donde manejar Linux es esencial.

Para descargar Bio-Linux 6.0: http://nebc.nerc.ac.uk/tools/bio-linux/bio-linux-6.0

Para descargar DNALinux: http://www.dnalinux.com/

Para descargar programas científicos para Linux: http://www.gentoo.org/

Referencia:

Field, D; et al. 2006. Open software for biologists: from famine to feast. Nature Biotechnology. 24: 801 – 803. doi: 10.1038/nbt0706-801

Comentarios

Entradas más populares de este blog

¿Qué fue del estudio más grande sobre la seguridad de los transgénicos?

La tarde del 11 de noviembre de 2014, en un hotel londinense, se anuncia el lanzamiento de " Factor GMO ", el experimento a largo plazo más extenso y detallado jamás realizado sobre un alimento transgénico y su plaguicida asociado. Con un costo estimado de 25 millones de dólares , el estudio buscaba aportar —con una solidez sin precedentes— valiosa información para permitir a las autoridades reguladoras, los gobiernos y la población general, responder si es seguro el consumo de Organismos Genéticamente Modificados (OGM) o la exposición a su herbicida asociado en condiciones reales. El experimento —que se llevaría a cabo en un laboratorio secreto en el territorio ruso para evitar cualquier injerencia externa— consistía en someter a 6.000 ratas de laboratorio a diversas dietas basadas en el maíz transgénico NK603 y su herbicida asociado (RoundUp), cuyo principio activo es el glifosato . Es similar al famoso  estudio realizado Guilles-Eric Seralini , pero a mayor esc

¿Por qué tanto miedo al bromuro de etidio?

El bromuro de etidio (BrEt) es un agente químico muy usado en técnicas de biología molecular para teñir nuestros geles de agarosa y poder apreciar nuestras bandas de ADN; ya sean de los productos de extracción o de PCR. Existen dos formas de teñir los geles: i) remojando el gel de agarosa por 15 minutos en una bandeja con BrEt (0,5 mg/L) después de haber hecho la electroforesis o ii) añadiendo el BrEt directamente al gel al momento de prepararlo. Con la primera evitamos contaminar nuestra cámara de electroforesis con BrEt y con la segunda evitamos exponernos a salpicaduras y otros accidentes que pueden ocurrir al hacer la tinción en bandeja. Se han dado cuenta que desde que entramos a un laboratorio de biología molecular nos tienen traumados con el BrEt: "¡Cuidado que te salpique!", "¡no lo huelas!", "¡usa tres guantes!", "¡no es por ese lado!", "¡si te cae en la piel te va a dar cáncer y te puedes morir!", entre otras cosas más.

Ozono por el culo

La insuflación rectal de ozono , que en términos coloquiales es ozono por el culo  ( OxC , de forma abreviada), es una forma de ozonoterapia.  Según sus promotores , esta terapia "es muy potente en cuanto a la eliminación de gérmenes intestinales como virus, bacterias, protozoos, hongos, etc ". Incluso pidieron a la Organización Mundial de la Salud que lo usaran para el tratamiento del Ébola.  Según Ozonomédica , la ozonoterapia, en general, "es una eficaz alternativa en el tratamiento y control de muchas patologías y enfermedades crónicas" que incluso "puede retrasar o evitar la aparición de diabetes, cáncer, artritis, artrosis, entre otras". Paciente recibiendo OxC. Fuente: Ozonoterapia . Sin embargo,  de acuerdo con la Administración de Alimentos y Medicamentos de los Estados Unidos ( FDA ), el ozono es un gas tóxico sin alguna aplicación médica conocida . Si bien es cierto, el ozono nos protege de la peligrosa radiación ultravi