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Mostrando las entradas de julio, 2010

Viendo las mutaciones en vivo y en directo

Las mutaciones son la principal fuerza evolutiva de los seres vivos, son cambios en la secuencia de un gen a través de inserciones de nuevas secuencias, deleciones de uno o más nucleótidos o cambio de un nucleótido por otro (transiciones o transversiones), que provocan que la proteína codificada por el gen pierda su función, su especificidad o adquiera una nueva característica que le permita tener una ventaja en su supervivencia.Sin embargo, la única forma de ver las mutaciones es a través de los fenotipos, o sea, la forma final de un determinado organismo. Por ejemplo: una mutación en un gen hace que los ojos de la mosca de la fruta sean blancos en vez de rojo. Los ojos de la mosca los podemos ver, y si son blancos sabemos que es debido a una mutación, pero no podemos ver directamente la mutación (a menos que secuenciemos el gen) y mucho menos el momento preciso en que se da esta mutación. Además, existen muchas mutaciones que no expresan un fenotipo característico. Hay mutaciones qu…

Los de British Petroleum si son unos maestros del Photoshop

Hace un par de semanas se hizo una grave denuncia a British Petroleum por falsear y modificar fotos para mostrar que el problema del Golfo de México estaba siendo resuelto y que los daños eran menos graves de lo que se pensaban. La explicación de BP para esta falta de ética fue que uno de los miembros de su personal quería demostrar sus habilidades con el Photoshop y por error cayó en las manos del webmaster quien publicó las fotos en la página oficial de la empresa.En respuesta a esto, un montón de gente en el mundo se puso a hacer lo mismo, modificar las fotos en Photoshop pero de una manera más imaginativa, para reirnos un poco y olvidar por un instante este grave desastre ecológico…Los pilotos de BP tomándose un “break”
Con las manos en la masa! Miembros de BP captados en el preciso momento
que falseaban las fotos en GIMP
.
El problema es más grave de lo que se creía.
Hacen todo menos controlar el desastre.
Versión para Nintendo……y ahora para PC!!!
Para ver la galería complet…

El desarrollo de los ojos tienen un origen común en los animales

Sin dudas, los ojos, son una de las más grandes maravillas de la evolución, pero aún hay mucha controversia acerca del origen de los mismos. Los ojos son órganos extremadamente complejos, con características sumamente sofisticadas, y varían mucho en su funcionamiento entre una especie y otra, lo cual, abre la posibilidad a que el origen  de éste órgano no haya seguido una sola línea evolutiva, sino varias paralelas.En los metazoos, existe una familia de genes,Pax, que codifican para una serie de factores de transcripción involucrados en una gran variedad de procesos del desarrollo celular. Estos genes divergieron antes que los cnidarios y bilaterios se separaran y evolucionaran independientemente. Pax-6, uno de los miembros de esta familia, controla el desarrollo de los ojos en muchos bilaterios, y mutaciones en este gen causan graves defectos morfológicos y funcionales.Una medusa de la especie Cladonema radiatum. Los puntitos rojos (indicados por la flecha blanca) son los ojos. b: bu…

Como centrifugar 5 ó 7 tubos a la vez?

A cuantos no nos ha pasado que, cuando estamos extrayendo ADN o purificando alguna proteína o separando cultivos de células o bacterias, tenemos un número impar de tubos para centrifugar, o más que eso, tenemos un número primo como 5, 7, 11 ó 13 tubos para centrifugar, pero no sabemos como ubicarlos, así que primero centrifugamos una parte y luego otra, ¡qué pérdida de tiempo!".En BiteSize Bio encontré una forma de hacerlo que nunca se me había ocurrido (¡que roche!). Primero, todos sabemos como centrifugar 3 tubos, las disponemos en forma triangular para lograr la estabilidad del rotor, tal como se muestra en la figura. Podemos marcar los pocillos con una resaltador o un marcador para ubicarlos más rápidamente… pero como hacemos para centrifugar 5 ó 7 ó más?… ya la vieron???Es fácil, una vez ubicado los 3 tubos en forma triangular, colocamos otros dos en pocillos opuestos, otros dos en otros pocillos opuestos y así hasta completar cualquier número impar o primo. De hecho que se …

Tenofovir reduce la infección por VIH… pero aún no es suficiente

Hoy se publicó en Sciencexpress un estudio alentador para evitar el contagio de VIH en mujeres. Se trata del uso de un gel a base de 1% de Tenofovir – 9- [(R)-2phosphonomethoxy)propyl]adenine monohydrate (PMPA) – un análogo al nucleótido de adenosina con una actividad inhibitoria potente contra los retrovirus. Este compuesto ya ha sido probado como profiláctico en monos y actualmente es usado en el tratamiento del VIH (Viread®).Este ensayo clínico a gran escala se llevó a cabo en África, donde el SIDA es una epidemia – el 70% de los infectados con VIH en el mundo son del África. Es aquí donde se han realizado una gran cantidad de ensayos clínicos para contrarrestar el contagio del VIH en la población sexualmente activa. Las estrategias probadas van desde la circuncisión masculina (~57% de efectividad) hasta una vacuna desarrollada por Tailandeses con un ~31% de efectividad. De las 39 estrategias probadas, sólo 5 han tenido resultados alentadores.El estudio llamado CAPRISA 004, fue rea…

Un nuevo mecanismo de la regulación de la expresión genética

Existen muchos mecanismos que regulan la expresión genética, los cuales pueden darse a nivel transcripcional (promotores, operadores, terminadores), post-transripcional (formación de estructuras secundarias, ARN de interferencia, micro ARNs), traduccional (estructuras secundarias que evitan el paso del ribosoma) y post-traduccional (apoproteínas y chaperonas encargadas de dar la estructura final a la proteína).Sin embargo, muchos de los ARNs que son transcritos a partir del ADN no llegan a codificar ningún tipo de proteína, y muchos de estos ARNs no codificantes están envueltos en mecanismos de regulación de la expresión genética, por ejemplo: los micro ARN (miARN), ARN de interferencia (ARNi), ARN pequeño de interferencia (siARN) y ARN asociados a piwi (piARN). Pero, aún existe un tipo de ARN misterioso cuya importancia aún se mantiene en discusión, este es el ARN largo no codificante (lncRNA).Kondo et al. hicieron un descubrimiento en la mosca de la fruta (Drosophila melanogaster). …

Qué feo…

¿Que es esto?… ¿alguna idea?Es un anélido, específicamente un Platynereis dumerilii, especie con la cual Dray et al. trabajaron para determinar el origen evolutivo de la segmentación [Science329 (5989); 339 – 342], una característica clave en la organización corporal de varios grupos de animales que incluye a los anélidos, platelmintos, artrópodos y vertebrados. A partir de los embriones de artrópodos determinaron que la vía de señalización de Hedgehog es la responsable de controlar la segmentación y que su función es conservada en Platynereis. Así que el origen evolutivo de la segmentación se debe haber dado en un ancestro común entre los anélidos y artrópodos, en otras palabras, en el último ancestro común de los animales protóstomos.

Por qué no podemos hacer lo mismo?

Salió una historia muy interesante en la editorial del último número de Nature, acerca de como Brasil llegó ha estar a la vanguardia de la Biotecnología, la historia mas o menos dice así…Corría el mes de mayo del año 97, cuando un par de científicos brasileños discutían y esbozaban un “pequeño” proyecto. Ellos eran José Fernando Pérez y Fernando Reinach, el primero director de la Fundación de Investigación de Sao Paulo (FAPESP), y el segundo, uno de sus principales asesores. ¡Vamos a secuenciar un genoma! – dijeron. De hecho que el proyecto sonaba muy ambicioso, y para los científicos más viejos – quienes se sentían cómodos viendo como avanzaba la biotecnología en EEUU y Europa – era descabellado. Sin embargo, a este par de científicos no les importó y pusieron muchos esfuerzos para llevar a cabo el proyecto. Empezaron a formar capacidades en genómica y bioinformática – la base de cualquier estudio de secuenciamiento – y formaron rápidamente un buen equipo de trabajo.
El organismo sele…

Que miedo…

No es la versión maligna del pulpo Paul, es una Alonsoa unilabiata, de la familia de las Scrophulariaceas.VíaPharyngula.

Cada cuanto tiempo se dan las extinciones masivas?

Una interesante recopilación de Lisa Grossman muestra que las extinciones masivas se dan cada 27 millones de años, según las nuevas evidencias fósiles. Esto de las extinciones masas viene desde el año 1984, cuando los paleontólogos David Raup y Jack Sepkoski observaron que había un patrón alarmante en cada una de las extinciones masivas ocurridas anteriormente. Todos sus datos se basaron en registros fósiles marinos, ya que son los más fáciles de conseguir – de manera completa – y fáciles de caracterizar. Raup & Sepkoski vieron que había algo allá afuera en el espacio que gobernaba estas extinciones masivas; esto a la luz de la teoría que surgió en 1980 de que los dinosaurios se extinguieron debido al impacto de un cometa a la Tierra. Raup & Sepkoski propusieron la idea de Némesis, una estrella que cada cierto tiempo mandaba una lluvia de cometas hacia la Tierra, debido a que su gravedad, sacaba de órbita a los cometas que orbitan en la nube de Oort, un cúmulo de asteroides hi…

Por qué se da la adicción a la cocaína?

Cuanta gente que empieza a consumir cocaína, heroína o nicotina (o Terocal como yo) y nunca la pueden dejar, por más tratamientos e internamientos que tengan, ¿a qué se debe? La explicación es que, cuando se consume de manera constante una de estas drogas o cualquier otro estupefaciente, el cerebro se adapta a tenerla siempre en él y lo toma como si fuera “normal”, volviéndolo menos sensible a los efectos que tanto les gusta sentir, así que necesitan de más para alcanzar el efecto deseado. En este punto, la dosis que consume un drogadicto podría llevar a la muerte por sobredosis a una persona normal que por primera vez prueba una de estas drogas.Pero, ¿cuales son las bases bioquímicas y moleculares que dan paso a la adicción? Hollander et al. pudo haber encontrado la respuesta a los cambios neuronales que terminan en la tolerancia a las drogas, debido a su consumo prolongado, estudiando los cerebros de ratas”coqueras”. Primero, debemos saber que, drogas como la cocaína, atacan y alter…

Foldit! en la carátula de Nature

Hace un par de años salió a la luz el primer juego bioinformático llamado Foldit. Este juego consiste en plegar proteínas, mover las estructuras alfa hélice, beta plegadas, residuos polares, apolares, hidrofílicos e hidrofóbicos, de tal manera que la proteína adquiera su configuración terciaria óptima, termodinámicamente estable. Foldit, más que un juego, es un programa bioinformático de visualización y modificación de estructuras proteicas. Hay muchos programas para ver y visualizar proteínas (Cn3D, Swiss PDB Viewer, etc…), sin embargo, Foldit te da puntaje por correctos plegamientos que te permiten subir en el ranking, además puedes formar grupos y redes con otros jugadores, que en su mayoría, son biólogos de todas partes del mundo.Y por si fuera poco, con jugar Foldit no solo te estás entreteniendo y aprendiendo a usar una importante herramienta bioinformática, sino, estás colaborando con la comunidad científica mundial. ¿Como? Cada día se secuencian muchas proteínas en el mundo, s…

Atlas de anticuerpos y proteínas

Tal vez muchos ya los conozcan, pero de todas maneras les alcanzo este par de recursos. El atlas de las proteínas humanas [http://proteinatlas.org/] muestra la expresión y localización de nuestras proteínas en una gran variedad de tejidos, tanto sanos como cancerosos. Las imágenes fueron tomadas usando técnicas de marcaje de proteínas como la inmunohistoquímica y la inmunofluorescencia. Actualmente este atlas cuenta con más de 11200 anticuerpos y más de 9.1 millones de imágenes.La interfaz es bastante sencilla de manejar, te puede redirigir rápidamente a su acceso en UniProt, NCBI o EMBL, además muestra que tipo de proteína es (si es de membrana, si es plasmática o es una enzima), también nos muestra el anticuerpo para cada proteína (en caso que la tuviera). Se espera que para el 2014 se termine el Proteoma Humano. Esto abriría muchas posibilidades, a parte de complementar lo que conocemos del Genoma Humano. Conocer a detalle cada una de las proteínas de nuestro organismo nos ayudaría…