Ir al contenido principal

Crea tus propias rutas metabólicas con PathVisio

Alguna vez se han preguntado como hacen los científicos para hacer las rutas metabólicas que vemos en los libros o en los artículos científicos? Usan programas especializados en este tipo de diseños, es algo así como un AutoCad para biólogos. Aunque también lo puedes hacer en Power Point o en Corel Draw, pero estos programas no entenderían el contexto biológico de la ruta metabólica, las conexiones entre genes y proteínas.

PathVisio es una herramienta que te permite crear rutas metabólicas con significado biológico para tus presentaciones o para publicarlos en un artículo o una monografía. Y si ya eres un investigador que usa técnicas de biología molecular avanzadas como el secuenciamiento genético y los microarreglos, puedes diseñar nuevas vías metabólicas, a partir de tus resultados y exportarlos a WikiPathways.

También te permite descargar rutas metabólicas y base de datos de genes de organismos modelos muy usados en biología como son de Drosophila melanogaster, Saccharomyces cerevisiae, Arabidopsis thaliana, Rattus norvegicus, entre otros.

Lo probé, y es una herramienta muy importante además de ser entretenida, te ayudará para tu examen de bioquímica o biología molecular y podrás diseñar tus propias rutas metabólicas como jugando.

Comentarios

Entradas más populares de este blog

15 años más de moratoria a los transgénicos

Ese es el nuevo proyecto de ley (PL 05622/2020-CR) presentado el pasado 25 de junio por el congresista Rolando Campos Villalobos de Acción Popular, el cual tiene por único objetivo ampliar por quince años la moratoria a los transgénicos establecida por la Ley N.º 29811, que vence en diciembre del próximo año. 

Para aclarar, la moratoria sólo se aplica a la liberación al ambiente, es decir, los cultivos transgénicos. Los importados para la alimentación humana o de animales (por ejemplo, el maíz amarillo duro y la soya), no están restringidos ni regulados hasta que se apruebe el RISBA. Tampoco se prohíbe la investigación con transgénicos, pero solo si se realiza en espacios confinados como laboratorios o invernaderos. ¿Cuál es el sustento para ampliar la moratoria?Para saberlo, analicemos la exposición de motivos. Ley de moratoria se sustenta en la necesidad de preservar el ambiente equilibrado del país, dado que existe una incertidumbre sobre los impactos que pueden producir los transgéni…

Los huevos verdes

[Artículo publicado originalmente el 16 de abril de 2014 en Expresión Genética del diario El Comercio]
No me refiero a los de Shrek ni los de Hulk...
Hace unos años visité la localidad de Huancapallac, en el departamento de Huánuco, y participé del Muhu Raymi (Fiesta de las Semillas). En esta feria, agricultores de diferentes lugares del país exhiben su gran agrobiodiversidad. Mientras paseaba por los puestos de cada uno de ellos, vi algo que llamó mi atención: huevos de color verde.

Si bien los huevos pueden adquirir diferentes colores, dependiendo de la especie a la que correspondan, todos los huevos de gallina que encontramos en los mercados son blancos o morenos (color piel). Sin embargo, al menos tres razas de gallinas ponen huevos verdes y azulados: la Araucana de Chile y los Dongxiang y Lushi de China. Esta coloración se debe a un pigmento llamado biliverdina.
La biliverdina se genera a partir de la degradación de la hemoglobina —molécula que da el característico color rojo a la sa…

El asesino en serie de los anfibios bajo la mira

Los anfibios del mundo están viviendo un verdadero apocalipsis. Poblaciones enteras están siendo diezmadas. Algunas especies se han extinto y otras están seriamente amenazadas. Y, como en una verdadera película de terror, un patógeno es el responsable, posiblemente, el peor de toda la historia en cuanto a su impacto sobre la biodiversidad. Su nombre, Batrachochytrium dendrobatidis (de cariño Bd). ¿Dónde y cuando apareció este asesino? ¿Cómo se propaga? Son algunas de las interrogantes que pretende resolver un estudio publicado en Science la semana pasada.

Bd es un hongo que ataca directamente la piel de los anfibios (que es por donde estos animales respiran, intercambian electrolitos y regulan el pH), alimentándose de las proteínas que la componen. La piel alrededor de las articulaciones se hace trizas y se desprende hasta que pierden el equilibrio homeostático del cual no pueden recuperarse. Al cabo de unos días, mueren de un ataque cardiaco.

Este problema fue detectado por primera v…