Ir al contenido principal

WikiPathways: Vías metabólicas editadas por la gente

Te dejan un trabajo en la universidad o el colegio, lo primero que haces es ... entrar al messenger y preguntar a alguien si tiene el trabajo, si no lo tiene, lo segundo que haces es buscarlo en la internet, así que una vez que "googlees" lo que buscas, la primera página de búsqueda que te aparece cual es? Wikipedia. Sin dudas Wikipedia se ha convertido en la enciclopedia más usada en la actualidad gracias a su gran facilidad y fácil acceso, desplazando a la ya obsoleta Encarta (si esa enciclopedia que te venía como en 8 CDs y te salía algo de S/.30 en wilson, "no te olvides de instalarle el crack").

Pero Wikipedia no se ha quedado ahí, sino ha formado todo un "cluster" de buscadores Wiki, y muchos de ellos relacioandos con nuestra carrera como: EcoliWiki, que consiste en una página especializada en todo lo concerniente a la E. coli K-12, donde encontraremos todos sus fagos, plásmidos y transposones, gracias a una base de datos completa de su genoma. WikiProteins, donde encontrarán muchos conceptos biomédicos, así como funciones de las proteínas, interacciones y relaciones con determinadas enfermedades. WikiSpecies donde encontrarás un directorio de especies, desde bacteras hasta animales, así como taxonomía y localizaciones.

Pero las vías metabólicas al ser más complejas, ya que implica miles de interacciones entre genes, moléculas y enzimas, lo convierte en un reto para la formación de una enciclopedia de fácil acceso. Imagínense tener que ordenar y actualizar cada una de las vías metabólicas de los seres vivos, o por lo menos de los más importantes. Por esta razón WikiPathways, permite que las personas que usen esta enciclopedia puedan actualizar, añadir y modificar las vías metabólicas presentes en este entorno, a diferencia de las Base de Datos de importantes agencias de investigación como el NCBI o EMBL, donde la actualización y reparación de la información, en este caso las vías metabólicas, están en manos de unos pocos investigadores que tienen acceso mediante una clave via FTP o algo similar para modificar y actualizar estas bases de datos que les son enviados por los distintos centros de investigación de todo el mundo. WikiPathways lo hace de la siguiente manera:

WikiPathways, tiene la gran ventaja de que cualquier investigador en cualquier parte del mundo pueda modificar o actualizar cualquier ruta metabólica, según sea su especialidad o resultado de alguno de sus trabajos de investigación. La interfase para la modificación y actualización de las vías metabólicas es sumamente sencilla, sin la necesidad de tener conocimientos avanzados en computación y programación, a diferencia de las otras bases de datos que requieren de programas especiales para su modificación, además WikiPathways cuenta con un programa de seguridad que permite detectar cuando una vía metabólica que viene siendo actualizada o mejorada, no se esta realizando de manera lógica o tiene errores en la secuencia de reacción, esto para evitar que algún gracioso quiera jugar una broma y poner cualquier cosa menos una vía metabólica real.

Finalemente, WikiPathways permite una fácil contribución y mantenimiento de la información de las vías metabólicas gracias a la interacción de toda la comunidad científica que permite un potenciamiento rápido y directo superando a las bases de datos de vías metabólicas existentes como the Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes KEGG o la Pathway Commons.

Comentarios

  1. gringo, lo maxxximo tu blog¡¡¡¡¡ ya vote con mis 5 correos que tengo.

    ResponderBorrar

Publicar un comentario

Se respetuoso con tus comentarios y críticas. Cualquier comentario ofensivo será eliminado.

Entradas más populares de este blog

Fusión y fisión de mitocondrias

Se cree que los procariotas aparecieron en el planeta hace unos 3,500 millones de años, mientras que los eucariotas lo hicieron hace unos 2,000 millones de años. Pero, si los procariotas llevan una ventaja de 1,500 millones de años a los eucariotas, ¿por qué ellos no son los organismos más complejos? La respuesta son las mitocondrias [Les recomiendo leer este artículo publicado en el blog]. Todos conocemos a las mitocondrias, si no las recuerdan, aquí se las presento. Tal vez la imagen que tenemos de ellas es que se encuentran diseminadas por toda la célula, aisladas unas de otras o, a lo mucho, reuniéndose en pequeños grupos. Sin embargo, esto no es así. En realidad, las mitocondrias son unos organelos muy dinámicos, que se encuentran fusionándose y dividiéndose constantemente, pero hasta ahora no se sabe a ciencia cierta que rol cumple este proceso. Axel Kowald de la Universidad Humboldt de Berlín y Tom B. L. Kirkwood de la Universidad de Newcastle han desarrollado una teoría

El mapa de las rutas metabólicas… Animado!

¿Qué es una ruta o vía metabólica? De manera sencilla, es el flujo de reacciones que sigue un determinado compuesto al ingresar a la célula, de esta manera, se transforma en una molécula más compleja (biosíntesis o anabolismo) o en una más sencilla (degradación o catabolismo). Por ejemplo: el pan tiene una gran variedad de compuestos químicos, pero el más abundante es el almidón —presente en la harina con el que es elaborado. El almidón es degradado por una serie de reacciones químicas gracias a unas enzimas llamadas amilasas, convirtiéndose en pequeñas unidades de glucosa. La glucosa ingresa a la célula y pasa por una serie de reacciones para llegar a formar dos moléculas de piruvato. Gráficamente lo podemos ver de la siguiente manera: Esta forma de graficarla se ve muy fría y poco llamativa, es más, parece ser muy difícil de aprenderla y no nos dice nada de como es el flujo de las otras moléculas que participan en la reacción, por ejemplo: el ADP y el NADH. Además, ésta sol

¿Por qué tanto miedo al bromuro de etidio?

El bromuro de etidio (BrEt) es un agente químico muy usado en técnicas de biología molecular para teñir nuestros geles de agarosa y poder apreciar nuestras bandas de ADN; ya sean de los productos de extracción o de PCR. Existen dos formas de teñir los geles: i) remojando el gel de agarosa por 15 minutos en una bandeja con BrEt (0,5 mg/L) después de haber hecho la electroforesis o ii) añadiendo el BrEt directamente al gel al momento de prepararlo. Con la primera evitamos contaminar nuestra cámara de electroforesis con BrEt y con la segunda evitamos exponernos a salpicaduras y otros accidentes que pueden ocurrir al hacer la tinción en bandeja. Se han dado cuenta que desde que entramos a un laboratorio de biología molecular nos tienen traumados con el BrEt: "¡Cuidado que te salpique!", "¡no lo huelas!", "¡usa tres guantes!", "¡no es por ese lado!", "¡si te cae en la piel te va a dar cáncer y te puedes morir!", entre otras cosas más.